学院的发展历史可追溯至我校1980年设立的高等教育研究室。朱九思、涂又光、姚启和、蔡克勇、文辅相等老一辈学者，敢于竞争，善于转化，在期刊建设、学科建设与服务学校改革发展方面奠定了良好基础，并于1986年和1996年先后获批高等教育学硕士点和博士点。2000年始，以成立教育科学研究院为契机，以新建5100平方米教学办公大楼为基础，在首任院长刘献君教授的带领下，学院各项事业步入快速发展期。2003年获批教育经济与管理博士点，2007年获批高等教育学国家重点学科，2007年获准设立博士后科研流动站，2009年获批为首批教育博士试点单位，2011年获批为一级学科博士点。

目前，学院下设高等教育研究所、院校研究所、教育政策与管理研究所、教育学研究所、心理学研究所、工程教育研究所以及《高等教育研究》编辑部与《高等工程教育研究》编辑部；获批有新型教育智库湖北高等教育研究院以及4个省部级人文社科重点研究基地：院校发展研究中心、区域高等教育发展研究中心、长江经济带地区新工科教育研究基地、教育部学位与研究生教育发展中心武汉研究基地。同时还设有创新教育与批判性思维中心、工程教育研究中心等其他校级研究中心。在高等教育学、教育管理学、院校研究、工程教育学、教育学原理以及教育心理学6个二级学科方向招收和培养学术型博士，在教育领导与管理、学生发展与教育2个领域招收教育博士；在高等教育学、教育管理学、院校研究、工程教育学、教育学原理、课程与教学论、教育心理学7个二级学科方向招收学术型硕士，在教育管理、科学与技术教育2个领域招收全日制教育硕士，在教育管理领域招收非全日制教育硕士。

学院坚持不同于师范大学发展教育学科的道路，注意探索在理工科大学中发展教育学科的经验。在国内率先开展大学文化素质教育研究，是教育部大学生文化素质教育指导委员会主任委员和秘书长单位；在国内率先倡导开展院校研究，并发起成立中国高等教育学会院校研究分会；在国内于1986年率先创设首个高等教育研究交流平台（全国大学教育思想研讨会）。

展望未来，学院将借助学校“双一流”建设资源条件，加大人才引进力度，依托中等规模、团队化与国际化水平较高的师资队伍，继续坚持突出应用性、注重成果转化和社会服务的发展思路，兼顾服务学校与满足国家、区域教育改革发展重大需求，加快改革人才培养模式和着力提升人才培养质量，积极拓展高等工程教育、课程教学与学习科学研究，力争优势特色学科达到国际一流水平，学科整体实力达到国内领先水平。（更新于2023年6月30日）